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BD Rhapsody™ TCR/BCR Next Multiomic Assays

Overview

免疫システムの複雑さを理解することは、健康と病気における免疫細胞の役割を解明するために不可欠です。これには、適応免疫の重要な決定要因であるT細胞受容体とB細胞受容体(TCRとBCR)のプロファイリングが必要です。次世代のBD Rhapsody™ TCR/BCR Next Multiomic Assayは、シングルセル遺伝子およびタンパク質発現の同時解析とともに、優れた感度で免疫レパートリーを明らかにします。

 
TCR-BCR Next product image
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Features

BDの新しいEnhanced Cell Capture Beads V3で検証されたBD Rhapsody™ TCR/BCR Next Multiomic Assaysは、ヒトとマウスにおいて堅牢なワークフローで全長TCR/BCRレパートリーの高感度分析を可能にします。

主な機能は次のとおりです。

 

  • 優れた全長TCRおよびBCRペアリングメトリクス
  • マルチオミクスにより、同じ細胞内でタンパク質と遺伝子発現の解析と同時に免疫プロファイリングが可能
  • BD® OMICS-Guard Sample Preservation Bufferで保存した細胞との互換性
  • サンプルの生物学的特徴について偏りのない洞察を提供する直感的なデータ分析パイプライン

 

BD Rhapsody™ TCR/BCR Next Multiomic Assayカタログで詳細をご覧ください。

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Applications

シングルセルの全トランスクリプトームまたはターゲットmRNA発現およびタンパク質発現解析と並行して、T細胞およびB細胞のクロノタイプを高感度で識別および解析する単一のワークフロー

 

このスタディでは、BD® AbSeq Immune Discovery Panelを使用して、主要なPBMCでTCR、BCR、全トランスクリプトーム遺伝子発現、および細胞表面タンパク質を同時に解析しました。合計で6,798個の推定細胞(7,292個の細胞インプット)から 2,380個の完全な表現型が検出されました。

Step 1:

タンパク質と遺伝子の両方の発現データを使用してUMAPプロットを生成し、タンパク質マーカーを使用して細胞集団を識別しました。

 
UMAP Plot for Gene and Protein Markers
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Step 2:

CD8+細胞に対して教師なしの分析(フェノグラフ)を実行し、11個のクラスターが特定されました。

 
11-Cluster CD8 Unsupervised Analysis
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Step 3:

CD8+内のユニークなクロノタイプの頻度が報告されました。

 
Unique Clonotype Frequencies within CD8
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Step 4:

上位5つのクロノタイプがUMAPプロットに重ね合わされ、フェノグラフ クラスター内で識別されました。

 
Clonotype Identification on UMAP Plot within Phenograph Clusters
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Step 5:

WTAとAbSeqの情報を使用して、最も頻度の高いクロノタイプを持つ細胞と残りの集団の細胞との差次的遺伝子およびタンパク質発現解析を実行しました。

 
Differential Gene and Protein Expression Cell Analysis with AbSeq and WTA
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Step 6:

 

パイプライン出力ファイルから細胞IDとチェーン情報が取得され、対象のクロノタイプのVDJおよびC 遺伝子情報が決定されました。

 

Cell IndexTCR Alpha Gamma V gene dominantTCR Alpha Gamma J gene dominantTCR Alpha Gamma CDR3 translation dominantTCR Beta Delta V gene dominantTCR Beta Delta D gene dominantTCR Beta Delta J gene dominantTCR Beta Delta C gene dominantTCR Beta Delta CDR3 translation dominantTCR Paired ChainsCell type experimentalHigh quality cell
236563TRAV41*01TRAJ49*01AVRSGGDTGNQFYTRBV5‑6*01TRBD2*02TRBJ2‑1*01TRBC2ASSLREYNEQFTRUET_CD8_naiveTRUE
638393TRAV41*01TRAJ49*01AVRSGGDTGNQFYTRBV5‑6*01TRBD2*02TRBJ2‑1*01TRBC2ASSLREYNEQFTRUET_CD8_naiveTRUE
1789392TRAV41*01TRAJ49*01AVRSGGDTGNQFYTRBV5‑6*01TRBD2*02TRBJ2‑1*01TRBC2ASSLREYNEQFTRUET_CD8_naiveTRUE
2461787TRAV41*01TRAJ49*01AVRSGGDTGNQFYTRBV5‑6*01TRBD2*02TRBJ2‑1*01TRBC2ASSLREYNEQFTRUET_CD8_naiveTRUE
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Step 7:

 

パイプライン出力から、クロノタイプの全長配列が取得されました(ヌクレオチド配列も利用可能)。

 

 

Cell IndexVDJ Translation Trimmed
236563KNEVEQSPQNLTAQEGEFITINCSYSVGISALHWLQQHPGGGIVSLFMLSSGKKKHGRLIATINIQEKHSSLHITASHPRDSAVYICAVRSGGDTGNQFYFGTGTSLTVIP
236563DAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSGHDTVSWYQQALGQGPQFIFQYYEEEERQRGNFPDRFSGHQFPNYSSELNVNALLLGDSALYLCASSLREYNEQFFGPGTRLTVL
638393KNEVEQSPQNLTAQEGEFITINCSYSVGISALHWLQQHPGGGIVSLFMLSSGKKKHGRLIATINIQEKHSSLHITASHPRDSAVYICAVRSGGDTGNQFYFGTGTSLTVIP
638393DAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSGHDTVSWYQQALGQGPQFIFQYYEEEERQRGNFPDRFSGHQFPNYSSELNVNALLLGDSALYLCASSLREYNEQFFGPGTRLTVL
1789392KNEVEQSPQNLTAQEGEFITINCSYSVGISALHWLQQHPGGGIVSLFMLSSGKKKHGRLIATINIQEKHSSLHITASHPRDSAVYICAVRSGGDTGNQFYFGTGTSLTVIP
1789392DAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSGHDTVSWYQQALGQGPQFIFQYYEEEERQRGNFPDRFSGHQFPNYSSELNVNALLLGDSALYLCASSLREYNEQFFGPGTRLTVL
2461787KNEVEQSPQNLTAQEGEFITINCSYSVGISALHWLQQHPGGGIVSLFMLSSGKKKHGRLIATINIQEKHSSLHITASHPRDSAVYICAVRSGGDTGNQFYFGTGTSLTVIP
2461787DAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSGHDTVSWYQQALGQGPQFIFQYYEEEERQRGNFPDRFSGHQFPNYSSELNVNALLLGDSALYLCASSLREYNEQFFGPGTRLTVL

 

 FR1  CDR1  FR2  CDR2  FR3  CDR3  FR4
TCR_alphaKNEVEQSPQNLTAQEGEFITINCSYSVGISALHWLQQHPGGGIVSLFMLSSGK KKHGRLIATINIQEKHSSLHITASHPRDSAVYICAVRSGGDTGNQFYFGTGTSLTVIP
TCR_betaDAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSGHDTVSWYQQALGQGPQFIFQYYEEEERQRGNFPDRFSGHQFPNYSSELNVNALLLGDSALYLCASSLREYNEQFFGPGTRLTVL
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研究用です。本製品は、疾病の診断・治療または予防に使用することはできません。