BD Rhapsody™ TCR/BCR Next Multiomic Assays

Overview

免疫システムの複雑さを理解することは、健康と病気における免疫細胞の役割を解明するために不可欠です。これには、適応免疫の重要な決定要因であるT細胞受容体とB細胞受容体（TCRとBCR）のプロファイリングが必要です。次世代のBD Rhapsody™ TCR/BCR Next Multiomic Assayは、シングルセル遺伝子およびタンパク質発現の同時解析とともに、優れた感度で免疫レパートリーを明らかにします。

Features

BDの新しいEnhanced Cell Capture Beads V3で検証されたBD Rhapsody™ TCR/BCR Next Multiomic Assaysは、ヒトとマウスにおいて堅牢なワークフローで全長TCR/BCRレパートリーの高感度分析を可能にします。

主な機能は次のとおりです。

優れた全長TCRおよびBCRペアリングメトリクス
マルチオミクスにより、同じ細胞内でタンパク質と遺伝子発現の解析と同時に免疫プロファイリングが可能
BD® OMICS-Guard Sample Preservation Bufferで保存した細胞との互換性
サンプルの生物学的特徴について偏りのない洞察を提供する直感的なデータ分析パイプライン

BD Rhapsody™ TCR/BCR Next Multiomic Assayカタログで詳細をご覧ください。

Applications

シングルセルの全トランスクリプトームまたはターゲットmRNA発現およびタンパク質発現解析と並行して、T細胞およびB細胞のクロノタイプを高感度で識別および解析する単一のワークフロー

このスタディでは、BD® AbSeq Immune Discovery Panelを使用して、主要なPBMCでTCR、BCR、全トランスクリプトーム遺伝子発現、および細胞表面タンパク質を同時に解析しました。合計で6,798個の推定細胞（7,292個の細胞インプット）から 2,380個の完全な表現型が検出されました。

Step 1:

タンパク質と遺伝子の両方の発現データを使用してUMAPプロットを生成し、タンパク質マーカーを使用して細胞集団を識別しました。

Step 2:

CD8+細胞に対して教師なしの分析（フェノグラフ）を実行し、11個のクラスターが特定されました。

Step 3:

CD8+内のユニークなクロノタイプの頻度が報告されました。

Step 4:

上位5つのクロノタイプがUMAPプロットに重ね合わされ、フェノグラフクラスター内で識別されました。

Clonotype Identification on UMAP Plot within Phenograph Clusters

Step 5:

WTAとAbSeqの情報を使用して、最も頻度の高いクロノタイプを持つ細胞と残りの集団の細胞との差次的遺伝子およびタンパク質発現解析を実行しました。

Differential Gene and Protein Expression Cell Analysis with AbSeq and WTA

Step 6:

パイプライン出力ファイルから細胞IDとチェーン情報が取得され、対象のクロノタイプのVDJおよびC 遺伝子情報が決定されました。

Cell Index	TCR Alpha Gamma V gene dominant	TCR Alpha Gamma J gene dominant	TCR Alpha Gamma CDR3 translation dominant	TCR Beta Delta V gene dominant	TCR Beta Delta D gene dominant	TCR Beta Delta J gene dominant	TCR Beta Delta C gene dominant	TCR Beta Delta CDR3 translation dominant	TCR Paired Chains	Cell type experimental	High quality cell
236563	TRAV41^*01	TRAJ49^*01	AVRSGGDTGNQFY	TRBV5‑6^*01	TRBD2^*02	TRBJ2‑1^*01	TRBC2	ASSLREYNEQF	TRUE	T_CD8_naive	TRUE
638393	TRAV41^*01	TRAJ49^*01	AVRSGGDTGNQFY	TRBV5‑6^*01	TRBD2^*02	TRBJ2‑1^*01	TRBC2	ASSLREYNEQF	TRUE	T_CD8_naive	TRUE
1789392	TRAV41^*01	TRAJ49^*01	AVRSGGDTGNQFY	TRBV5‑6^*01	TRBD2^*02	TRBJ2‑1^*01	TRBC2	ASSLREYNEQF	TRUE	T_CD8_naive	TRUE
2461787	TRAV41^*01	TRAJ49^*01	AVRSGGDTGNQFY	TRBV5‑6^*01	TRBD2^*02	TRBJ2‑1^*01	TRBC2	ASSLREYNEQF	TRUE	T_CD8_naive	TRUE

Step 7:

パイプライン出力から、クロノタイプの全長配列が取得されました（ヌクレオチド配列も利用可能）。

Cell Index	VDJ Translation Trimmed
236563	KNEVEQSPQNLTAQEGEFITINCSYSVGISALHWLQQHPGGGIVSLFMLSSGKKKHGRLIATINIQEKHSSLHITASHPRDSAVYICAVRSGGDTGNQFYFGTGTSLTVIP
236563	DAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSGHDTVSWYQQALGQGPQFIFQYYEEEERQRGNFPDRFSGHQFPNYSSELNVNALLLGDSALYLCASSLREYNEQFFGPGTRLTVL
638393	KNEVEQSPQNLTAQEGEFITINCSYSVGISALHWLQQHPGGGIVSLFMLSSGKKKHGRLIATINIQEKHSSLHITASHPRDSAVYICAVRSGGDTGNQFYFGTGTSLTVIP
638393	DAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSGHDTVSWYQQALGQGPQFIFQYYEEEERQRGNFPDRFSGHQFPNYSSELNVNALLLGDSALYLCASSLREYNEQFFGPGTRLTVL
1789392	KNEVEQSPQNLTAQEGEFITINCSYSVGISALHWLQQHPGGGIVSLFMLSSGKKKHGRLIATINIQEKHSSLHITASHPRDSAVYICAVRSGGDTGNQFYFGTGTSLTVIP
1789392	DAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSGHDTVSWYQQALGQGPQFIFQYYEEEERQRGNFPDRFSGHQFPNYSSELNVNALLLGDSALYLCASSLREYNEQFFGPGTRLTVL
2461787	KNEVEQSPQNLTAQEGEFITINCSYSVGISALHWLQQHPGGGIVSLFMLSSGKKKHGRLIATINIQEKHSSLHITASHPRDSAVYICAVRSGGDTGNQFYFGTGTSLTVIP
2461787	DAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSGHDTVSWYQQALGQGPQFIFQYYEEEERQRGNFPDRFSGHQFPNYSSELNVNALLLGDSALYLCASSLREYNEQFFGPGTRLTVL

FR1 CDR1 FR2 CDR2 FR3 CDR3 FR4

TCR_alpha	KNEVEQSPQNLTAQEGEFITINCSYSVGISALHWLQQHPGGGIVSLFMLSSGK KKHGRLIATINIQEKHSSLHITASHPRDSAVYICAVRSGGDTGNQFYFGTGTSLTVIP
TCR_beta	DAGVTQSPTHLIKTRGQQVTLRCSPKSGHDTVSWYQQALGQGPQFIFQYYEEEERQRGNFPDRFSGHQFPNYSSELNVNALLLGDSALYLCASSLREYNEQFFGPGTRLTVL