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BD Cellismo™ Data Visualization Tool
Overview

BD Cellismo™ Data Visualization Toolは、シングルセルマルチオミクスデータの二次解析および可視化のためのソフトウェアツールです。研究者が数百万のデータポイントをコーディングなしで、実際に役立つ情報に変換することができます。

 

BD Cellismo™ Data Visualization Toolを使用することで、サンプルのデータをさまざまなパラメータで簡単に可視化できます。遺伝子発現に基づいて細胞を集団に分類し、ヒストグラム、ヒートマップ、ドットプロット、ボルケーノプロット、バイオリンプロット、tSNEおよびUMAPプロットを作成し、プロットをPNGまたはSVGファイルとしてカスタマイズおよびエクスポートして、共同研究者にシェアしたり、出版物に掲載できます。

BD Rhapsody™ Sequence Analysis Pipelineを使用した一次解析と二次解析の両方でデータをどのように解析できるか、動画をご覧ください。

Features

  1. Intuitive

    直観的な操作性: ポイントとクリックでデータをグラフやプロットに可視化
  2. User Friendly

    ユーザーフレンドリー: 導入コスト不要、コーディング不要
  3. Multiomics Enabled

    マルチオミクス対応: シングルセルRNA+タンパクデータセットを簡単に探索

BD Cellismo™ Data Visualization Toolを使用して、Seuratと同じようなデータビジュアライゼーションをコードやプログラミングなしで生成

 

BD Cellismo™ Data Visualization Tool(右)を使用すると、コードを書くことなく、Seurat(左)と同じようなデータビジュアライゼーションを生成できます。BD Cellismo™インターフェースでは、クリックとポイントでドットのサイズ、色、不透明度の変更など、図を簡単にカスタマイズすることもできます。

 

Data Visualization Comparison Diagram

Input Requirements:

 

  • (推奨)BD Rhapsody™ Sequence Analysis PipelineからのCellismo Outputファイル。このファイルには、すべてのモダリティ(RNAおよびAbSeq)の発現データに加えて、パイプラインによって作成された任意の細胞アノテーション(例:サンプルマルチプレキシングタグ、免疫細胞タイプ)が含まれています。
  • 代替入力形式:
  1. Market exchange (MEX)
  2. H5MU/H5AD 
Data Visualization Comparison Diagram

Release Notes

 

Latest Version: v1.0   |   Release Date: March 2025

 

初期リリースには以下の機能が含まれます:

 

  • BD Rhapsody™ Sequence Analysis Pipeline .Cellismoファイル(メタデータを含む)、マトリックスマーケットMEX、Scanpy/Muon、H5など、複数の形式からシングルセルマルチオミクスデータを読み込む
  • 複数のシングルセルプロジェクトを管理し、数回のクリックでそれらの切替
  • Quality Controlで、どの細胞が除去されているかを視覚的に確認
  • 次の7種類のグラフを生成:次元削減散布図、Biaxial、バイオプロダクトCorrelation、ヒートマップ、ドットプロット、ヒストグラム、バイオリンプロット
  • スタイルオプションを使用した広範なグラフカスタマイズ
  • 画像をプロジェクトギャラリーのサイドバーに保存し、簡単に呼び出す
  • ギャラリー画像をサイドバーから外部アプリケーションにドラッグ
  • 関心のある細胞を囲む、LeidenまたはK-meansクラスタリングを実行する、または既存のアノテーションを組み合わせることで新しい細胞アノテーションを作成
  • 関心のある細胞群間の差次的発現を解析。テーブルで関心のある遺伝子をフィルタリングし、ボルケーノプロットで表示
  • 新しい次元削減座標を生成
  • 全トランスクリプトームまたはターゲットRNA、AbSeq/CITE-seqによるタンパク質カウント、サンプルマルチプレキシング

 

System requirements:

  • Windows 10 or later (64-bit)
  • MacOS 11 (Big Sur) or later
  • Intel or Apple silicon chip
  • 8 GB RAM minimum
  • 16 GB RAM for 200,000 cells
  • 64 GB RAM for 1M cells
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"Cellismo made analysis and visualization of Rhapsody data simple and intuitive. Both people experienced with R and people who have never used R quickly performed tasks that typically take many lines of code. It simplified the preprocessing and graphing processes, facilitating deeper exploration of our data in far less time. The lasso tool and interactive DEG output made comparing populations of interest much easier as well. Cellismo is exactly the software we were looking for to rapidly analyze our single cell data with a minimal learning curve."

Allison-DePuyt

"Cellismo made analysis and visualization of Rhapsody data simple and intuitive. Both people experienced with R and people who have never used R quickly performed tasks that typically take many lines of code. It simplified the preprocessing and graphing processes, facilitating deeper exploration of our data in far less time. The lasso tool and interactive DEG output made comparing populations of interest much easier as well. Cellismo is exactly the software we were looking for to rapidly analyze our single cell data with a minimal learning curve."

Allison DePuyt
PhD Student
University of Pittsburgh (Pennsylvania)

"Cellismo is a program that is easy to use for both beginners and advanced users to perform all adjustments they need to get the most out of their data. I especially liked the numerous customization options for all types of plots. Additionally, the interactive design of the graphs makes data discussions so much easier, as all information for each individual data point being displayed is immediately at hand. Paired with the top-notch customer support that BD provides, I believe Cellismo will be a great tool for data analysis for any user."

Kim Pauck

"Cellismo is a program that is easy to use for both beginners and advanced users to perform all adjustments they need to get the most out of their data. I especially liked the numerous customization options for all types of plots. Additionally, the interactive design of the graphs makes data discussions so much easier, as all information for each individual data point being displayed is immediately at hand. Paired with the top-notch customer support that BD provides, I believe Cellismo will be a great tool for data analysis for any user."

Kim Pauck
PhD Student
Philipps University of Marburg-Medical Faculty (Germany)

"As researchers, we constantly seek tools that improve accuracy and save time, and Cellismo excels in both areas. Its intuitive interface and advanced analysis tools have simplified workflows that once required extensive manual effort. With Cellismo, we can visualize and interpret complex data with exceptional precision, allowing us to derive insights faster and more effectively. We are excited to continue exploring its capabilities as we push the boundaries of cellular research."

Masanori Miyanishi

"As researchers, we constantly seek tools that improve accuracy and save time, and Cellismo excels in both areas. Its intuitive interface and advanced analysis tools have simplified workflows that once required extensive manual effort. With Cellismo, we can visualize and interpret complex data with exceptional precision, allowing us to derive insights faster and more effectively. We are excited to continue exploring its capabilities as we push the boundaries of cellular research."

Masanori Miyanishi
Professor
Kobe University Graduate School of Medicine (Japan)

"I had a great time working through the new Cellismo software. I was quickly able to navigate through the program to see what I wanted to see from our data. This program not only gets me to where I want to go independently, I also am not interrupting the workflow of my lab every time I get an itch with a new idea. I had a really fun time looking at our data with this program. I very much appreciate that BD has come up with this simple and user-friendly data visualization software package for people like me to use (and I will use this)."

Robbie B. Mailliard

"I had a great time working through the new Cellismo software. I was quickly able to navigate through the program to see what I wanted to see from our data. This program not only gets me to where I want to go independently, I also am not interrupting the workflow of my lab every time I get an itch with a new idea. I had a really fun time looking at our data with this program. I very much appreciate that BD has come up with this simple and user-friendly data visualization software package for people like me to use (and I will use this)."

Robbie B. Mailliard
Associate Professor of Medicine
University of Pittsburgh (Pennsylvania)

"Cellismo is an excellent, lightweight bioinformatics tool for BD Rhapsody users, running on Windows and macOS. You can easily check sample quality, set analysis cutoffs, and view differentially expressed genes across clusters and samples. A key feature is using ribosomal RNA expression for deeper cell quality checks. For Abseq using BD’s antibodies, Cellismo lets you separate protein and mRNA expression with ease, making single-cell analysis straightforward and user-friendly."

TaeWoo Kwon

"Cellismo is an excellent, lightweight bioinformatics tool for BD Rhapsody users, running on Windows and macOS. You can easily check sample quality, set analysis cutoffs, and view differentially expressed genes across clusters and samples. A key feature is using ribosomal RNA expression for deeper cell quality checks. For Abseq using BD’s antibodies, Cellismo lets you separate protein and mRNA expression with ease, making single-cell analysis straightforward and user-friendly."

TaeWoo Kwon
CEO
ROKIT Genomics (Korea)
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Free, but Powerful–Try it Out for Yourself

 

無償でBD Cellismo Data Visualization Toolを今すぐダウンロードいただけます。情報を入力して「Submit」をクリックすると、ダウンロードが自動的に開始されます。 ご提供いただいた情報は、最新の開発状況、更新情報、およびバグ修正についてお知らせするために使用させていただきます。

 

Windows users:

ファイルがダウンロードされたら、exeファイルをダブルクリックしてください。インストールが開始されると簡単なアニメーションが表示されます。インストールが完了すると、プログラムが自動的に開きます。ショートカットがデスクトップに作成され す。

 

Mac Users:

チップアーキテクチャに応じて、Mac(Intel)またはMac(Apple M)の2つの異なるインストールパッケージがあります。チップアーキテクチャを確認するには、左上のAppleメニューを押します。「About This Mac」を選択します。「Chip」と表示されている場所に、IntelまたはAppleのいずれかが表示されます。以下のフォームで、システムに適用されるオプションを選択してください。ファイルがダウンロードされたら、zipファイルをダブルクリックしてCellismo.appを抽出します。Cellismo.appをダブルクリックして開きます。アプリは任意のフォルダ(ユーザーのアプリケーションディレクトリなど)に移動できます。

 

インストール後、ホームページの「Start New Project」タブで新しいプロジェクトを開始します。データファイルをページにドラッグアンドドロップし、「Start Analysis」をクリックします。

 

 

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Download the Free BD Cellismo™ Tool


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