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Overview
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Overview

T細胞受容体 (TCR) と B 細胞受容体 (BCR) のペア配列の情報をシングルセルレベルで解析することで、T 細胞と B 細胞の多様性や、リンパ系腫瘍、感染症、自己免疫疾患、腫瘍免疫における役割を詳細に調べることができますBD Biosciences の TCR および BCR プロファイリングツールを使用することで、T 細胞および B 細胞クローンの多様性とその機能をシングルセルレベルで解析することができます。

 

BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay

BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay は、T 細胞および B 細胞受容体にある VDJ 領域の完全長配列のアセンブリ、さらに同一細胞での転写産物発現とタンパク質発現を評価することができるマルチオミックス・シングルセル解析ソリューションを提供します。

 

BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay:

  • 全てのマルチオミクス解析の最適化と検証 
  • TCR および BCR の完全長配列のアセンブリに対応する試薬と解析パイプライン 
  • 全トランスクリプトームアッセイとターゲット mRNA アッセイに対応 
  • 感度よく分子を検出できる高性能セルキャプチャービーズ

 

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 プロトコール、V1 ビーズ

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 プロトコール は、従来の BD Rhapsody™ Targeted Kit やヒト/マウス免疫応答遺伝子パネルを利用し、BD® AbSeq Assay と BD® Single-Cell Multiplexing Kit (SMK) を併用できるようにデザインされています。アッセイの実施に必要な試薬の詳細については、それぞれのプロトコールをご参照ください。この VDJ CDR3 プロトコールを使用して得たシーケンスデータの解析用に、専用のバイオインフォマティクスパイプラインを使用することもできます。

 

TCR と BCR をプロファイリングできる BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Assay には以下のものが含まれます。

  • 検証済みのプライマー配列
  • BD Rhapsody™ シングルセル解析システムによる、ヒトまたはマウスの TCR および BCR CDR3 領域解析専用のプロトコール

 

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Features

BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay は、BDの新しい高性能セルキャプチャービーズと、BD® AbSeq 抗体および BD® Single-Cell Multiplexing Kit (SMK) 併用できるように検証されています。そのため、、γ/δ-T 細胞を含む各細胞のトランスクリプトーム、プロテオーム、完全長の TCR/BCR レパートリーを、BD Rhapsody™製品で解析することができます。

 
BD Rhapsody TCR/BCR Multiomic Assay Features
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BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay を使用して以下アプリケーションと組み合わせることができます。

Applications

従来のターゲット mRNA アッセイや WTA mRNA アッセイ、さらにタンパク質解析とサンプルのマルチプレックス化を用いて検証した T 細胞および B 細胞受容体をシンプルなワークフローでプロファイリング  

 

BD® AbSeq Immune Discovery Panel と 4 種類の BD® AbSeq 抗体を追加して染色した休止期のヒト末梢血単核球 (PBMC) を、15-plex AbSeq パネルで染色した濃縮 T 細胞を用いてマルチプレックスを行いました。プールしたサンプルを TCR/BCR Multiomic Assay と WTA アッセイ (製品番号633801) を用いて処理しました。以下の解析例は、PBMC データ内の T 細胞について実施したものです。  

ステップ 1:

タンパク質発現と遺伝子発現を解析することで、tSNE プロットでは、細胞集団を詳細に識別できます

 
Step 1
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ステップ 2:

目的とする細胞集団に対し教師なしクラスタリング解析 (Phenograph) を実施することができます

 
Step 2
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ステップ 3:

個々の Phenograph 内にある希少なクロノタイプの頻度が示されました

 
Step 3
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ステップ 4:

最も高頻度で出現したクロノタイプがある細胞を tSNE プロットで識別できます

 
Step 4
performance1

ステップ 5:

AbSeq と WTA の情報を使用して、遺伝子およびタンパク質の発現差解析により、最も高い頻度で出現したクロノタイプを持つ細胞とその他の細胞集団を比較できます

 
Step 5
performance1

ステップ 6:

Cell ID と鎖の情報を、パイプラインの出力ファイルから得ることができます

 

伸長したクロノタイプを発現する細胞のセルラベルと CDR3 情報を特定して、さらなる解析に使用しました

 
Cell_Index Chain_Type CDR3_Translation_Dominant
54044 TCR_Alpha AVLAEGGKLI
54044 TCR_Beta ASSLWGSPLH
123296 TCR_Alpha AVLAEGGKLI
123296 TCR_Beta ASSLWGSPLH
123563 TCR_Alpha AVLAEGGKLI
123563 TCR_Beta ASSLWGSPLH
147961 TCR_Alpha AVLAEGGKLI
147961 TCR_Beta ASSLWGSPLH

ステップ 7:

目的とするクロノタイプの VDJ 領域と C 領域の遺伝子情報を特定できます

 

 

Cell_Index Chain_Type V_gene_Dominant D_gene_Dominant J_gene_Dominant C_gene_Dominant Full_Length Productive
54044 TCR_Alpha TRAV20*01   TRAJ23*01 TRAC TRUE TRUE
54044 TCR_Beta TRAV27*01 TRBD1*01 TRBJ1-6*02 TRBC1 TRUE TRUE
123296 TCR_Alpha TRAV20*01   TRAJ23*01 TRAC TRUE TRUE
123296 TCR_Beta TRAV27*01 TRBD1*01 TRBJ1-6*02 TRBC1 TRUE TRUE
123563 TCR_Alpha TRAV20*01   TRAJ23*01 TRAC TRUE TRUE
123563 TCR_Beta TRAV27*01 TRBD1*01 TRBJ1-6*02 TRBC1 TRUE TRUE
147961 TCR_Alpha TRAV20*01   TRAJ23*01 TRAC TRUE TRUE
147961 TCR_Beta TRAV27*01 TRBD1*01 TRBJ1-6*02 TRBC1 TRUE TRUE

ステップ 8:

クロノタイプの完全長アミノ酸配列が得られます (塩基配列も得られます)

 

Cell_Index VDG_Translation_Trimmed
54044 EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
54044 EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT
123296 EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
123296 EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT
123563 EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
123563 EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT
147961 EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
147961 EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT

 

 

ここに示す V(D)J αおよびβ TCR 鎖の完全長アミノ酸配列をアノテーションして、構造領域と CDR 領域を異なる色で示しました。

 

 FR1  CDR1  FR2  CDR2  FR3  CDR3  FR4
TCR_alpha EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEE KEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
TCR_beta EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT
BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Assay
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FEATURES

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Assayは、BD Rhapsody™ Targeted Kit、BD® AbSeq Assay、およびBD® Single-Cell Multiplexing Kitを併用することで、様々な研究目的に対応することができます。

 

各研究目的に対し、以下のキットや試薬の組合せが適しています。

 

  1. BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Protocol—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel*により、TCRとBCRのシーケンス解析ができます。
  2. BD Rhapsody™ VDJ CDR3 + SMK Protocol—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel* + SMKにより、1カートリッジで複数サンプルを同時に解析 することができます。
  3. BD Rhapsody™ VDJ CDR3 + BD® AbSeq Protocol—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel* + BD®AbSeq Assayにより、同一サンプルでのTCRと BCR のシーケンス情報とタンパク質情報とを統合することによりマルチオミックス解析ができます。
  4. BD Rhapsody™ VDJ CDR3 + BD® AbSeq + SMK Protocol—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel* + BD® AbSeq Assay + SMKを併用することにより、1カートリッジで複数サンプルを同時にマルチオミックス解析することができます。

 

*VDJ解析用プロトコールは既存のどのターゲット用の遺伝子パネルに対しても使用可能ですが、免疫応答プロファイリング用パネルを用いた実験系に最適化されています。CDR3 VDJ assayを効果的に行うため、カスタムパネルに、免疫応答プロファイリング用のマーカー遺伝子を組み合わせることをお勧めします。

PERFORMANCE

TCRとBCRのCDR3解析するためのパワフルなアッセイ

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Protocolの特徴は、タンパク質解析と同時に、γδ型T細胞などの希少な細胞群を含むT細胞やB細胞の異なるクロノタイプを高感度かつ特異的に識別できることです。

APPLICATIONS

免疫細胞を詳細にプロファイリングするためのマルチオミックスツール

   

    

For Research Use Only. Not for use in diagnostic or therapeutic procedures.