BD Rhapsody™ TCR/BCR Profiling Assays

シングルセルレベルで、T細胞とB細胞のRNA・タンパク質・クロノタイプ同時解析

Overview

T細胞受容体 (TCR) と B 細胞受容体 (BCR) のペア配列の情報をシングルセルレベルで解析することで、T 細胞と B 細胞の多様性や、リンパ系腫瘍、感染症、自己免疫疾患、腫瘍免疫における役割を詳細に調べることができますBD Biosciences の TCR および BCR プロファイリングツールを使用することで、T 細胞および B 細胞クローンの多様性とその機能をシングルセルレベルで解析することができます。

BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay for Human and Mouse

BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay は、T 細胞および B 細胞受容体にある VDJ 領域の完全長配列のアセンブリ、さらに同一細胞での転写産物発現とタンパク質発現を評価することができるマルチオミックス・シングルセル解析ソリューションを提供します。

BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay for Human and Mouse, includes:

全てのマルチオミクス解析の最適化と検証
TCR および BCR の完全長配列のアセンブリに対応する試薬と解析パイプライン
全トランスクリプトームアッセイとターゲット mRNA アッセイに対応
感度よく分子を検出できる高性能セルキャプチャービーズ

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 プロトコール、V1 ビーズ

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 プロトコールは、従来の BD Rhapsody™ Targeted Kit やヒト/マウス免疫応答遺伝子パネルを利用し、BD^® AbSeq Assay と BD^® Single-Cell Multiplexing Kit (SMK) を併用できるようにデザインされています。アッセイの実施に必要な試薬の詳細については、それぞれのプロトコールをご参照ください。この VDJ CDR3 プロトコールを使用して得たシーケンスデータの解析用に、専用のバイオインフォマティクスパイプラインを使用することもできます。

TCR と BCR をプロファイリングできる BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Assay には以下のものが含まれます。

検証済みのプライマー配列
BD Rhapsody™ シングルセル解析システムによる、ヒトまたはマウスの TCR および BCR CDR3 領域解析専用のプロトコール

Features

BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay は、BDの新しい高性能セルキャプチャービーズと、BD^® AbSeq 抗体および BD^® Single-Cell Multiplexing Kit (SMK) 併用できるように検証されています。そのため、、γ/δ-T 細胞を含む各細胞のトランスクリプトーム、プロテオーム、完全長の TCR/BCR レパートリーを、BD Rhapsody™製品で解析することができます。

BD Rhapsody™ TCR/BCR Multiomic Assay for Human and Mouse を使用して以下アプリケーションと組み合わせることができます。

Applications

従来のターゲット mRNA アッセイや WTA mRNA アッセイ、さらにタンパク質解析とサンプルのマルチプレックス化を用いて検証したＴ細胞および B 細胞受容体をシンプルなワークフローでプロファイリング

BD^® AbSeq Immune Discovery Panel と 4 種類の BD^® AbSeq 抗体を追加して染色した休止期のヒト末梢血単核球 (PBMC) を、15-plex AbSeq パネルで染色した濃縮Ｔ細胞を用いてマルチプレックスを行いました。プールしたサンプルを TCR/BCR Multiomic Assay と WTA アッセイ (製品番号633801) を用いて処理しました。以下の解析例は、PBMC データ内のＴ細胞について実施したものです。

ステップ 1:

タンパク質発現と遺伝子発現を解析することで、tSNE プロットでは、細胞集団を詳細に識別できます

ステップ 2:

目的とする細胞集団に対し教師なしクラスタリング解析 (Phenograph) を実施することができます

ステップ 3:

個々の Phenograph 内にある希少なクロノタイプの頻度が示されました

ステップ 4:

最も高頻度で出現したクロノタイプがある細胞を tSNE プロットで識別できます

ステップ 5:

AbSeq と WTA の情報を使用して、遺伝子およびタンパク質の発現差解析により、最も高い頻度で出現したクロノタイプを持つ細胞とその他の細胞集団を比較できます

ステップ 6:

Cell ID と鎖の情報を、パイプラインの出力ファイルから得ることができます

伸長したクロノタイプを発現する細胞のセルラベルと CDR3 情報を特定して、さらなる解析に使用しました

Cell_Index	Chain_Type	CDR3_Translation_Dominant
54044	TCR_Alpha	AVLAEGGKLI
54044	TCR_Beta	ASSLWGSPLH
123296	TCR_Alpha	AVLAEGGKLI
123296	TCR_Beta	ASSLWGSPLH
123563	TCR_Alpha	AVLAEGGKLI
123563	TCR_Beta	ASSLWGSPLH
147961	TCR_Alpha	AVLAEGGKLI
147961	TCR_Beta	ASSLWGSPLH

ステップ 7:

目的とするクロノタイプの VDJ 領域と C 領域の遺伝子情報を特定できます

Cell_Index	Chain_Type	V_gene_Dominant	D_gene_Dominant	J_gene_Dominant	C_gene_Dominant	Full_Length	Productive
54044	TCR_Alpha	TRAV20^*01		TRAJ23^*01	TRAC	TRUE	TRUE
54044	TCR_Beta	TRAV27^*01	TRBD1^*01	TRBJ1-6^*02	TRBC1	TRUE	TRUE
123296	TCR_Alpha	TRAV20^*01		TRAJ23^*01	TRAC	TRUE	TRUE
123296	TCR_Beta	TRAV27^*01	TRBD1^*01	TRBJ1-6^*02	TRBC1	TRUE	TRUE
123563	TCR_Alpha	TRAV20^*01		TRAJ23^*01	TRAC	TRUE	TRUE
123563	TCR_Beta	TRAV27^*01	TRBD1^*01	TRBJ1-6^*02	TRBC1	TRUE	TRUE
147961	TCR_Alpha	TRAV20^*01		TRAJ23^*01	TRAC	TRUE	TRUE
147961	TCR_Beta	TRAV27^*01	TRBD1^*01	TRBJ1-6^*02	TRBC1	TRUE	TRUE

ステップ 8:

クロノタイプの完全長アミノ酸配列が得られます (塩基配列も得られます)

Cell_Index	VDG_Translation_Trimmed
54044	EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
54044	EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT
123296	EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
123296	EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT
123563	EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
123563	EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT
147961	EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
147961	EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT

ここに示す V(D)J αおよびβ TCR 鎖の完全長アミノ酸配列をアノテーションして、構造領域と CDR 領域を異なる色で示しました。

FR1 CDR1 FR2 CDR2 FR3 CDR3 FR4

TCR_alpha	EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEE KEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP
TCR_beta	EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT

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Protocols

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length and Targeted mRNA Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, and Sample Tag Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, and BD® AbSeq Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, BD® AbSeq, and Sample Tag Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length and mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA) Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), and Sample Tag Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), and BD® AbSeq Library Preparation

BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), BD® AbSeq, and Sample Tag Library Preparation

Brochure

BD Rhapsody TCR BCR Multiomics Assay Brochure

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Assay

FEATURES

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Assayは、BD Rhapsody™ Targeted Kit、BD® AbSeq Assay、およびBD® Single-Cell Multiplexing Kitを併用することで、様々な研究目的に対応することができます。

各研究目的に対し、以下のキットや試薬の組合せが適しています。

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Protocol—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel*により、TCRとBCRのシーケンス解析ができます。
BD Rhapsody™ VDJ CDR3 + SMK Protocol—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel* + SMKにより、1カートリッジで複数サンプルを同時に解析することができます。
BD Rhapsody™ VDJ CDR3 + BD® AbSeq Protocol—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel* + BD®AbSeq Assayにより、同一サンプルでのTCRと BCR のシーケンス情報とタンパク質情報とを統合することによりマルチオミックス解析ができます。
BD Rhapsody™ VDJ CDR3 + BD® AbSeq + SMK Protocol—BD Rhapsody™ Targeted Kit + Human Immune Response Panel* + BD® AbSeq Assay + SMKを併用することにより、1カートリッジで複数サンプルを同時にマルチオミックス解析することができます。

*VDJ解析用プロトコールは既存のどのターゲット用の遺伝子パネルに対しても使用可能ですが、免疫応答プロファイリング用パネルを用いた実験系に最適化されています。CDR3 VDJ assayを効果的に行うため、カスタムパネルに、免疫応答プロファイリング用のマーカー遺伝子を組み合わせることをお勧めします。

APPLICATIONS

免疫細胞を詳細にプロファイリングするためのマルチオミックスツール

BD Rhapsody™ VDJ CDR3 ProtocolにBD® AbSeq AssayとBD® Single-Cell Multiplexing Kitを併用することで、タンパク質マーカーとRNAの情報を組み合わせたマルチオミックス解析ができます。以下は、BD Rhapsody™ VDJ CDR3 Protocolに基づき、ウイルスペプチドに反応するT細胞のプロファイリングおよび増幅するクロノタイプを解析した結果です。