概述
在单细胞水平上分析T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）的配对链信息是探测淋巴恶性肿瘤、感染性疾病、自身免疫性疾病和肿瘤免疫学中T细胞和B细胞多样性和功能的有力工具。BD Biosciences的TCR和BCR分析工具帮助您在单细胞水平上分别揭示T细胞和B细胞的克隆多样性和功能。
BD Rhapsody™ TCR/BCR全长多组学检测方案
BD Rhapsody™ TCR/BCR多组学检测帮助您检测分析T细胞和B细胞受体的全长VDJ序列，同时评估相同细胞的转录组表达和蛋白表达。该检测可为您提供单细胞多组学需求的一站式服务。
BD Rhapsody™ TCR/BCR完整的多组学优化和验证
· 支持全长TCR和BCR序列分析的试剂和pipeline
· 与全转录组和靶向mRNA检测相兼容
· 与BD® AbSeq蛋白组检测、BD多样本检测相兼容
· 采用更灵敏的Enhanced磁珠(EB)进行细胞及基因捕获
特征
已经使用我们的增强型细胞捕获磁珠、BD® AbSeq抗体和BD®单细胞多样本检测试剂盒（SMK）对BD Rhapsody™ TCR/BCR多组学检测试剂盒进行了充分验证。对您的细胞进行转录组、蛋白质组和全长TCR/BCR库分析，包括gamma/delta T细胞。
BD Rhapsody™ TCR/BCR多组学检测可以单独使用mRNA检测试剂盒运行，无需任何抗体染色，也可以与以上组合一起使用
应用案例
在同一次实验中，结合BD已有的靶向mRNA或WTA检测以及蛋白分析和多样本检测，对T细胞和B细胞受体进行分析
在以下概述的实验中，一个样本为静息PBMC细胞，并与BD® AbSeq人免疫检测组合（包含30种抗体） 及 4种 BD® AbSeq抗体进行孵育；另一个样本为来自不同供体的富集T细胞，与BD® AbSeq panel（包含15种抗体）进行孵育；之后将两个样本进行混合，并在BD Rhapsody™ 平台进行单细胞分析，最终获得实验数据。下图以PBMC样本的最终数据结果为例：
步骤1：
结合蛋白和基因表达数据，生成tSNE图，并通过AbSeq识别各细胞群
步骤2：
对特定细胞亚群，进行不同克隆型频率的统计与分析.
步骤3：
对特定细胞亚群，进行不同克隆型频率的统计与分析
步骤4：
同时可以在tSNE图上观察最高频率克隆型的细胞分布，如下图Phenograph_2亚群中最高频率克隆型（AVLAEGGKLI, ASSLWGSPLH）的细胞（橙色）
步骤5：
通过AbSeq和WTA表达信息，对最高频率克隆型的细胞与其他细胞群进行差异基因和蛋白表达分析
步骤7：
确定目标克隆型的VDJ和C gene信息（BD生信pipeline输出）
| Cell_Index | Chain_Type | V_gene_Dominant | D_gene_Dominant | J_gene_Dominant | C_gene_Dominant | Full_Length | Productive |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 54044 | TCR_Alpha | TRAV20*01 | TRAJ23*01 | TRAC | TRUE | TRUE | |
| 54044 | TCR_Beta | TRAV27*01 | TRBD1*01 | TRBJ1-6*02 | TRBC1 | TRUE | TRUE |
| 123296 | TCR_Alpha | TRAV20*01 | TRAJ23*01 | TRAC | TRUE | TRUE | |
| 123296 | TCR_Beta | TRAV27*01 | TRBD1*01 | TRBJ1-6*02 | TRBC1 | TRUE | TRUE |
| 123563 | TCR_Alpha | TRAV20*01 | TRAJ23*01 | TRAC | TRUE | TRUE | |
| 123563 | TCR_Beta | TRAV27*01 | TRBD1*01 | TRBJ1-6*02 | TRBC1 | TRUE | TRUE |
| 147961 | TCR_Alpha | TRAV20*01 | TRAJ23*01 | TRAC | TRUE | TRUE | |
| 147961 | TCR_Beta | TRAV27*01 | TRBD1*01 | TRBJ1-6*02 | TRBC1 | TRUE | TRUE |
步骤8：
可获得克隆型的全长序列（也可提供核苷酸序列）
| Cell_Index | VDG_Translation_Trimmed |
|---|---|
| 54044 | EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP |
| 54044 | EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT |
| 123296 | EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP |
| 123296 | EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT |
| 123563 | EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP |
| 123563 | EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT |
| 147961 | EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEEKEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP |
| 147961 | EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT |
对此处显示的TCR V(D)J α和β链的全长氨基酸序列添加了注释，显示不同颜色的框架和CDR区域。
| TCR_alpha | EDQVTQSPEALRLQEGESSSLNCSYTVSGLRGLFWYRQDPGKGPEFLFTLYSAGEE KEKERLKATLTKKESFLHITAPKPEDSATYLCAVLAEGGKLIFGQGTELSVKP |
| TCR_beta | EAQVTQNPRYLITVTGKKLTVTCSQNMNHEYMSWYRQDPGLGLRQIYYSMNVEVTDKGDVPEGYKVSRKEKRNFPLILESPSPNQTSLYFCASSLWGSPLHFGNGTRLTVT |
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Protocols
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length and Targeted mRNA Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, and Sample Tag Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, and BD® AbSeq Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, Targeted mRNA, BD® AbSeq, and Sample Tag Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length and mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA) Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), and Sample Tag Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), and BD® AbSeq Library Preparation
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BD Rhapsody™ System TCR/BCR Full Length, mRNA Whole Transcriptome Analysis (WTA), BD® AbSeq, and Sample Tag Library Preparation
特点
BD Rhapsody™ VDJ CDR3检测法可与BD Rhapsody™靶向试剂盒、BD® AbSeq检测法和BD®单细胞多重检测试剂盒一起使用，为研究提供一定的灵活性。
根据研究需要，这种检测法可用于以下任何组合：
- BD Rhapsody™ VDJ CDR3方案 - 利用BD Rhapsody™靶向试剂盒+人免疫反应检测试剂盒*，并支持分析TCR和BCR序列。
- BD Rhapsody™ VDJ CDR3+SMK方案 - 利用BD Rhapsody™靶向试剂盒+人免疫反应检测试剂盒*+SMK，支持在单个微孔板中同时处理多个样本。
- BD Rhapsody™ VDJ CDR3+BD® AbSeq方案 - 利用BD Rhapsody™靶向试剂盒+人免疫反应检测试剂盒*+BD® AbSeq检测法，支持多组学分析，将TCR和BCR序列分析与同一样本的蛋白质信息相结合。
- BD Rhapsody™ VDJ CDR3+BD® AbSeq+SMK方案 - 需要BD Rhapsody™靶向试剂盒+人免疫反应检测试剂盒*+BD® AbSeq检测法+SMK，支持在单个微孔板中对多个靶样本进行多组学分析。
*虽然从技术方面来看，VDJ方案可以与任何靶向检测试剂盒结合使用，但最适用于免疫反应检测试剂盒。为了与我们的CDR3 VDJ检测法有效地结合使用，我们建议在定制检测试剂盒中加入免疫反应检测试标志物。
性能
分析TCR和BCR CDR3信息的强大检测方法
BD Rhapsody™ VDJ CDR3方案的特征是：在检测T细胞和B细胞（包括γδ T细胞）的不同克隆型以及蛋白质分析方面具有高灵敏度和高特异性。 下列各项将并排排列。
High sensitivity and specificity in TCR detection
High paired TCR sensitivity in CD4+ T cells
High paired TCR sensitivity in CD8+ T cells
Detection of BCR, gamma delta T cells and protein markers
High sensitivity in identifying paired heavy and light chain information for BCR in B cells
Detection of gamma delta T cells to identify the rare and precious gamma delta T cells in your T cell population
应用
用于深入分析免疫细胞的多组学工具
单细胞多重检测试剂盒联合使用，对蛋白质和RNA信息进行多组学分析。在本文中，我们使用BD Rhapsody™ VDJ CDR3方案来分析应答病毒肽的T细胞特征和克隆型扩增。
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Technical Notes
仅供研究使用，不用于诊疗程序。
