SeqGeq™ v1.7 소프트웨어

생물학자를 위한 단일 세포 informatics 플랫폼

개요

scRNA-seq 데이터에서 insight를 추출하는 분석 플랫폼입니다.

SeqGeq™ v1.7 소프트웨어는 단세포 실험 분석용으로 설계되고 FlowJo™ Software 소프트웨어 제조업체가 개발한 장치 애그노스틱(device-agnostic) 데스크톱 bioinformatics 플랫폼입니다. SeqGeq™ 소프트웨어는 V(D)J 분석, Seurat 클러스터링, Monocle 궤적 추론 등을 포함한 광범위한 정보학 기능이 포함되어 있습니다.

SeqGeq™ 소프트웨어를 통해 연구원들은 FlowJo™ 소프트웨어를 사용하는 사람이라면 누구에게나 친숙한 드래그 앤 드롭 인터페이스를 통해 고급 분석, 데이터 탐색 및 시각화를 수행할 수 있습니다. SeqGeq™ 소프트웨어는 게시 및 공동작업을 위해 쉽게 공유할 수 있는 고품질 이미지를 생성합니다.

특징

SeqGeq™ 소프트웨어에는 직관적인 드래그 앤 드롭 인터페이스가 있으며, 다음과 같은 기능을 사용할 수 있습니다.

모든 플랫폼에서 scRNA-seq 데이터를 쉽게 가져올 수 있습니다.
tSNE, PCA, LDA로 dimensional reduction 을 수행할 수 있습니다.
직관적 gating 도구를 이용하여 관심 집단을 선택할 수 있습니다.
차등발현 유전자를 도출, 비교 및 대조할 수 있습니다.
강력한 시각화 도구를 사용하여 논문에 제출할 수 있는 이미지를 생성할 수 있습니다.

강력한 도구로 단일 세포 유전자 발현을 세부적으로 설명할 수 있게 지원합니다.

볼케이노 플롯(volcano plot)에서 차등발현 분석은 상향 및 하향 조절된 유전자를 통계적으로 철저하게 탐구할 수 있습니다
유전자 세트의 강화 - 생물학적 기능을 정의하고 관심대상 타겟 유전자를 식별
Quality Controls - outliers, debris doublets 데이터를 제거하는데 사용되는 QC Parameter 를 생성합니다
발달 궤적을 mapping하고, dropouts 및 categorical 변수를 처리하는 도구 등을 포함한 더 많은 도구를 FlowJo Exchange 에서 플러그 인으로 사용할 수 있습니다

개방형 플러그인 아키텍처는 연구가 한발 앞서갈 수 있도록 지원합니다.

SeqGeq™ 소프트웨어는 빠르고 직관적으로 informatics 혁신을 할 수 있도록 지원하는 플러그인을 제공합니다. 현재 제공되는 서비스에는 다음과 같은 기능이 포함됩니다.

Seurat
ViolinBox
BatchLR
TriMap
iCellR

FlowJo Exchange에서 이용할 수 있는 전체 플러그인 라이브러리를 다운로드해보세요.

신규 업데이트

가장 최신 발매된 SeqGeq™ v1.7 소프트웨어

이 업데이트는 당신의 분석을 간소화하기 위해 여러가지의 작업 속도를 개선하였습니다.
Save 기능과 관련되었던 문제들은 해결되었습니다. 이것은 당신이 처리하고 있던 작업을 닫을 때 자동저장 되도록 확장되었습니다. 더 이상 Save As 기능을 항상 사용하지 않아도 성공적인 버전을 만들고, 또는 많은 복사본을. geqzip 분석 파일로 저장할 수 있습니다.
Java 9을 이용하여 실행할 수 있도록 업데이트 되었습니다.
레이아웃에 존재하는 단세포 heatmap 데이터는 캐시에 저장되므로, 초기 생성 후 업데이트가 더욱 빨라질 것입니다.

TRAINING AND RESOURCES

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