Overview
The BD Rhapsody™ Sequence Analysis Pipeline is a versatile tool that offers the flexibility to run your bioinformatics analysis on either a Seven Bridges cloud-based platform or on a local installation.
The BD Rhapsody™ Sequence Analysis Pipeline:
- Provides a primary analysis of single-cell multiomics data by leveraging cutting-edge algorithms to deliver fast results and deep insights.
- Utilizes an intuitive user interface via a cloud-based platform and is easy to use, regardless of the computational expertise of the user.
- Offers the ability to choose between cloud-based or local installation options and affords maximum convenience and accessibility for single-cell multiomics data analysis.
- Provides broad compatibility of output data with downstream analysis tools such as Seurat and Scanpy.
BD Rhapsody™ Sequence Analysis Pipeline의 Cellismo 출력 파일은 2차 분석 및 시각화를 위해 BD Cellismo™ Data Visualization Tool 로 가져올 수 있습니다.
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파이프라인 개요
시퀀싱 후 파이프라인은 FASTQ 파일, 참조(대상 패널 또는 WTA/WTA+ATAC-Seq 참조 아카이브), AbSeq 참조(필요한 경우) 및 추가 참조(필요한 경우) 에서 입력을 받아 파이프라인 실행에 대한 출력 파일 및 메트릭을 생성합니다.
Overview of the steps in the analysis pipeline.
Features
- Free : Upload raw data, run the pipeline and download results from the cloud for free
- Fast: Less than 3 hours to process 1 billion reads
- Simple: One consolidated pipeline for BD Rhapsody™ Whole Transcriptome Analysis Amplification Kit, BD Rhapsody™ Targeted mRNA Kits, BD Rhapsody™ TCR/BCR Next Multiomic Assays and BD Rhapsody™ ATAC-Seq Assays
릴리스 노트
v2.3 BD 랩소디™ 시퀀스 분석 파이프라인
2025년 2월
추가
- 새로운. CELLISMO 출력 파일; BD Cellismo™ 데이터 시각화 도구에서 사용합니다. (이름이 변경되고 . H5MU 출력 파일)
- 500Mb보다 긴 염색체에 대한 BAM 파일 인덱스 지원(.bam.csi 사용)
업데이트
- ATAC 인덱스 읽기 최소 길이가 43개에서 35개로 변경되었습니다.
- TCR/BCR 메타데이터 열의 이름을 High_Quality_Cell에서 High_Qualty_Cell_TCR_BCR로 변경했습니다.
- 이전 파이프라인 버전과 일치하도록 시작 최대 위치 값을 읽는 샘플 태그
- Rhapsody Reference 도구가 항상 'gene_biotype' 속성을 포함하도록 설정
- 염기서열분석 길이에서 엣지 케이스를 해결하기 위해 사용자 정의 캡처 시퀀스의 ATAC-Seq 트리밍이 개선되었습니다.
- 헤더 데이터가 예상대로 형식이 지정되지 않은 경우 FASTQ 파일 이름의 자동 페어링에 대한 논리가 개선되었습니다.
- Seurat 출력 파일에는 이제 샘플 태그 및 바이오 제품 통계에 대한 추가 메타데이터가 포함됩니다.
수정
- 정확한 세포 수 매개변수는 ATAC-Seq 전용 또는 mRNA-ATAC 세포 호출 결합에 대해 작동하지 않았습니다.
- 사용자 정의 Rhapsody 참조에 'gene_biotype' GTF 속성이 없는 경우 ATAC_Compile_Results 노드가 실패합니다.
- VDJ_Compile_Results 노드는 감지된 셀이 없는 경우 실패합니다.
- 이름이 문자 'a' 또는 'n'으로 끝나는 경우 ATAC-Seq에 대한 사용자 정의 Rhapsody 참조 파일이 실패할 수 있습니다.
- BWA-mem2 바이너리 선택으로 인한 특정 AMD EPYC 프로세서의 ATAC-Seq 파이프라인 오류
- ATAC-Seq 파이프라인 장애(조인트 셀 호출에 셀 교차가 없는 엣지 케이스)
- ATAC-Seq 실행에 대한 파이프라인 보고서는 호출된 잘못된 수의 추정 셀을 보고할 수 있습니다.
- 특정 OS 로캘에서 JSON 구문 분석으로 인한 파이프라인 오류
- AbSeq 참조 입력Generate_Seurat 하나만 있는 경우 노드가 실패합니다.
- 셀 호출 데이터가 설정되지 않은 경우 샘플 태그로 실행되는 ATAC 전용 파이프라인 실패
- 매개 변수가 제공되지 않으면 추가 유틸리티 AnnotateCellLabelUMI Run_Name 실패합니다.
Get Free Access to the Pipeline
Cloud-Based Version
- Go to Velsera.com
- Click Request Access. In the request access window, enter your email address to receive an email invitation to the Seven Bridges Genomics platform within 24 hours.
- Click the link in the email invitation and complete the registration. Seven Bridges Genomics displays the dashboard with the demo projects.
Local Version
- Go to bitbucket.org/CRSwDev/cwl. If necessary, create a Bitbucket account.
- In the left pane, click Downloads > Download Repository. The CWL and YML files will download.
- Unzip the archive. Each folder within the archive is named after the pipeline version to which it corresponds.
Resources
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User's Guide
For Research Use Only. Not for use in diagnostic or therapeutic procedures.